يتكون الهيكل التنظيمي لبرنامج تحديث الصناعة من الأجهزة الآتية:
مجلس تحديث الصناعة.
مركز تحديث الصناعة.
مجلس استشاري لتحديث الصناعة.
اللجنة المؤقتة.

ينشأ مجلس تحديث الصناعة، ويشكل برئاسة وزير الصناعة والتنمية التكنولوجية وعضوية كل من:
اثنين يمثلان وزارة الصناعة والتنمية التكنولوجية يختارهما الوزير.
ممثل لكل من وزارات التعاون الدولي، والمالية، والاقتصاد والتجارة الخارجية. يختاره الوزير المختص.
ثمانية على الأقل يمثلون القطاعين الخاص الصناعي والتمويل الخاص، يختارهم وزير الصناعة والتنمية التكنولوجية.
ممثل للجامعات والمراكز البحثية، يختاره وزير التعليم العالي ووزير الدولة لشئون البحث العلمي.

يجتمع مجلس تحديث الصناعة بدعوة من رئيسه مرة كل ثلاثة أشهر على الأقل، ويصح الاجتماع بحضور أغلبية الأعضاء. وتصدر قراراته بأغلبية أصوات الحاضرين وعند التساوي يرجح الجانب الذي منه الرئيس.
ويجوز لأعضاء المجلس من القطاع الخاص دراسة أعمال كل من مركز تحديث الصناعة والمجلس الاستشاري وعرضها على المجلس.

يختص مجلس تحديث الصناعة بما يلي:
رسم السياسات وإقرار خطة العمل لمركز تحديث الصناعة في ضوء خطة الدولة.
إقرار برامج العمل التنفيذية لبرنامج تحديث الصناعة.
المتابعة وتقييم الأداء في أي وقت وطلب اتخاذ الإجراءات لتصحيح أعمال المركز.
إقرار الموازنة السنوية اللازمة لتنفيذ الأعمال.
تعبئة الموارد المالية الخاصة بتنفيذ البرنامج من مختلف مصادر التمويل.

تنشأ هيئة مستقلة تسمى "مركز تحديث الصناعة" ويتخذ المركز مقراً له بمدينة القاهرة. وتكون له شخصية اعتبارية، ويقوم بأداء مهامه في إطار الاتفاقية الصادر بالموافقة عليها قرار رئيس الجمهورية رقم 66 لسنة 1999 المشار إليه.

يختص مركز تحديث الصناعة بإعداد وتنفيذ برنامج تحديث الصناعة، وذلك بهدف زيادة القدرة التنافسية للصناعة المصرية عن طريق تحسين وتطوير أداء. القطاع الصناعي كما يختص بتقديم الدراسات واقتراح السياسات اللازمة لتحقيق الأهداف.

يكون مركز تحديث الصناعة مسئولا عن موازنته أمام الجهات المساهمة في التمويل وأمام الحكومة المصرية في الحصة التي تساهم بها.
وتخضع موزانة المركز وبرامج التنفيذ لإشراف مجلس تحديث الصناعة
ويقوم المركز بتقديم تقارير دورية عن أدائه الى المجلس.

يتولى إدارة مركز تحديث الصناعة مدير مسئول يعين طبقا للإجراءات المنصوص عليها في الاتفاقية الصادر بالموافقة عليها قرار رئيس الجمهورية رقم 66 لسنة 1999 المشار إليه، يعاونه مراقب مالي ومسئول متابعة ومنسق للمشروع.

ينشأ مجلس استشاري لتحديث الصناعة، ويشكل برئاسة رئيس مجلس تحديث الصناعة، وعضوية كل من:
مدير مركز تحديث الصناعة.
ممثل عن بعثة الاتحاد الأوروبي في القاهرة كمراقب.
ممثل عن كل جهة تساهم في تمويل البرنامج بمبلغ يزيد على عشرة ملايين وحدة نقد أوروبية.
ولرئيس المجلس أن يدعو لحضور اجتماعاته من يراه من الخبراء والفنيين دون أن يكون لهم صوت معدود في المداولات.

يختص المجلس الاستشاري لتحديث الصناعة بمعاونة كل من مجلس ومركز تحديث الصناعة في مباشرة مهامه، وذلك بتقديم الاستشارات الخاصة بالمسائل الآتية:
إعداد وتنفيذ برنامج تحديث الصناعة.
خطة عمل وموازنة مركز تحديث الصناعة.
برامج العمل التنفيذية.
ما يحيله إليه المجلس أو المركز من موضوعات.

تنشأ لجنة مؤقتة، يشكلها وزير الصناعة والتنمية التكنولوجية من بين أعضاء مجلس تحديث الصناعة، ومن ممثلين لوزارة الخارجية، وممثل عن بعثة الاتحاد الأوروبي في القاهرة كمراقب.
وتتولى اللجنة المؤقتة تنسيق الأنشطة في حدود الجزء الأول من الموازنة، ومتابعة إجراءات تعيين مدير مركز تحديث الصناعة، وتنتهي مهمة اللجنة بتعيين مدير المركز.

يتم تمويل برنامج تحديث الصناعة مما يلي:
منحة من الاتحاد الأوروبي وفقا للمعايير والاشتراطات المنصوص عليها في الاتفاقية الصادر بالموافقة عليها قرار رئيس الجمهورية رقم 66 لسنة 1999 المشار إليه.
مساهمات القطاع الخاص المستفيد.
الموارد التي تقوم الحكومة المصرية بتعبئتها سواء من الموازنة العامة للدولة أو مما تسعى لتجميعه من مصادر أجنبية دولية أو جماعية أو ثنائية.

يقدم وزير الصناعة والتنمية التكنولوجية تقريرا سنويا عن أداء برنامج تحديث الصناعة إلى رئيس مجلس الوزراء لعرضه على رئيس الجمهورية.

يعتمد مجلس تحديث الصناعة اللوائح والقرارات الفنية والمالية والإدارية الخاصة بتنظيم عمل مركز تحديث الصناعة، كما يعتمد اللوائح المنظمة لشئون العاملين.

ينشر هذا القرار في الجريدة الرسمية، ويعمل به من اليوم التالي لتاريخ نشره.