يباشر الجهاز نشاطه مباشرة أو بواسطة ما يتبعه من الشركات المتخصصة التي يقرر وزير الدفاع تبعيتها للجهاز أو الشركات التي يتم إنشاؤها لتنفيذ مشروعاته أو بالمشاركة في الشركات أو الوحدات القائمة وفقا للقواعد التي يضعها مجلس إدارته.
ويجوز أن يضم للجهاز شركات ووحدات إنتاجية أخرى يتصل نشاطها بنشاط الجهاز والشركات التابعة له, وذلك بقرار من وزير الدفاع.

يضع مجلس الإدارة اللوائح الداخلية لتنظيم عمل الجهاز وإدارته ونظام حساباته وشئونه المالية والإدارية والمناقصات والمزايدات وشئون العاملين دون التقيد بالنظم واللوائح المعمول بها في الحكومة والهيئات العامة والقطاع العام, ويصدر بهذه اللوائح قرار من وزير الدفاع.

يعد مجلس إدارة الجهاز لائحة تحدد اختصاصات الجهاز والشركات التابعة له, والضوابط التي تحكم أعمالهم, والجهات التي يتعين الرجوع إليها قبل اتخاذ القرارات وذلك بالنسبة لنشاط الشركات في مجال تحقيق أهداف الجهاز.
كما يعد المجلس الأنظمة الأساسية للشركات وكافة اللوائح التي تنظم شئون الشركات ماليا وإداريا وشئون العاملين بها.
ويصدر باللوائح المشار إليها قرارات من وزير الدفاع.

يتكون رأس مال الجهاز مما يلي:
كافة أصول الشركة المصرية لإصلاح وبناء السفن.
رؤوس أموال الشركات التابعة له.
أنصبة الجهاز في رؤوس أموال الشركات والوحدات التي يشرف عليها بالاشتراك مع الأشخاص الاعتبارية العامة أو الخاصة.
الأموال التي تخصصها له الدولة.

تتكون موارد الجهاز من الآتي:
نسبة من صافي أرباح الشركات التابعة له أو الجهات أو الوحدات أو الشركات التي يساهم فيها.
الاعتمادات التي تخصصها وزارة الدفاع في موازنتها لتمويل البحوث وتطوير المشروعات.
الاعتمادات التي تخصصها له الدولة.
القروض والتسهيلات الائتمانية التي يحصل عليها بضمان أصول الشركات التابعة المملوكة له أو أنصبته في الشركات المشتركة سواء كانت القروض محلية أو خارجية.
ما يخص الجهاز من صافي أرباح الشركات نظير الإشراف والإدارة وما يخص ممثليه في الشركات التي يساهم فيها مقابل الإدارة.
أية حصيلة أخرى نتيجة لمباشرة نشاطه أو نتيجة لما يقدمه إلى الشركات التي يشرف عليها أو إلى الغير من أعمال أو خدمات.

تودع حصيلة المشروعات والأعمال التي يتولى الجهاز تنفيذها, في حساب خاص بأحد البنوك التجارية المصرية.
ويصدر وزير الدفاع قرارا بالقواعد التي تنظم الصرف من هذه الأموال بما يضمن حسن تنفيذ الأعمال والمشروعات واستعراض واستكمال وتطوير القوات المسلحة.

يخصص للجهاز قطعة الأرض التي تشغلها الشركة المصرية لإصلاح وبناء السفن داخل المنطقة الجمركية ومساحتها 37802.5 متر مربع والمبينة الحدود والمعالم بالرسم المرفق بقرار رئيس الجمهورية رقم 105 لسنة 2003 نقلا من جهاز مشروعات الخدمة الوطنية بوزارة الدفاع.

يصدر قرار من وزير الدفاع بتحديد تبعية الشركات ونقلها بين أجهزة وزارة الدفاع, كما يصدر القرارات اللازمة لتنفيذ هذا القرار.

ينشر هذا القرار في الجريدة الرسمية, ويعمل به من اليوم التالي لتاريخ نشره.